Տասներկուամյա Ինիեստային Բարսելոնայի մասնագետները հայտնաբերել են Ալբասետեի համանուն թիմի կազմում, և շուտով Անդրեսը տեղափոխվել է Բարսելոնա: Ինիեստան Բարսայի հիմնական կազմում իր դեբյոտը նշել է 2002 թվականի հոկտեմբերի 29-ին Չեմպիոնների Լիգայի խաղում, որտեղ նրա թիմը խաղում էր Բրյուգգեի դեմ: 2003-2004-ի մրցաշրջանում Ինիեստան արդեն անցկացրեց տասնմեկ հանդիպում և խփեց մեկ գոլ: Այդ ժամանակ նա հիմնականում փոխարինում էր Բարսելոնայի գլխավոր աստղին` Ռոնալդինյոյին: Իսկ հաջորդ` 2004-2005 մրցաշրջանում, Անդրես Ինիեստան ամրապնդեց իր տեղը թիմի հիմնական կազմում` խաղալով Իսպանիայի առաջնությաունում 37 խաղ: Ինիեստան այդ տարիներին իրեն դրսևորեց որպես բարձրակարգ և տաղանդավոր ֆուտբոլիստ, և նրա հայտնվելը նաև Իսպանիայի ազգային հավաքականի կազմում ոչ ոքի համար անակնկալ չեղավ: 2006-ին նաԻսպանիայի ընտրանու կազմում մասնակցեց աշխարհի առաջնությանը,իսկ 2008-ին դարձավ Եվրոպայի չեմպիոն:

Ինիեստան Բարսելոնայի առանցքային ֆուտբոլիստներից մեկն է: Նրա կարիերայի ամենակարևոր գոլը դարձավ 2008-2009 մրցաշրջանի Չեմպիոնների Լիգայի կիսաեզրափակիչ պատասխան խաղում հանդիպման 90+3-րդ րոպեին Չելսիի դարպասը խփած գնդակը: Այդ գոլի շնորհիվ Բարսելոնան եզրափակիչի ուղեգիր նվաճեց և հետագայում էլ նվաճեց Չեմպիոնների Լիգայի գավաթը` հաղթելով Մանչեստեր Յունայթեդին: Յունայթեդի դեմ եզրափակիչից առաջ Ինիեստայի մասնակցությունը խաղին կասկածի տակ էր: Սակայն Անդրեսը արագացված վերականգնողական կուրս անցավ և կարողացավ մասնակցել այդ կարևորագույն խաղին ու օգնեց Բարսելոնային նվաճել Եվրոպայի լավագույն ակումբի կոչումը: